Η γραμμή των Κυθήρων, είναι μία γραμμή από τις πλέον παλαιότερες σε βάθος χρόνου και μία γραμμή που ιστορικά έχουν περάσει πολλά πλοία από αυτήν. Οι αναφορές για τη γραμμή Κύθηρα - Αντικύθηρα ξεκινούν στις αρχές της δεκαετίας του 1890, με τη δρομολόγηση του Αηδών, το οποίο ανέλαβε για μικρό διάστημα τη γραμμή Πειραιάς - Κύθηρα μέσω Νεάπολης και Μονεμβασιάς με προέκταση πολλές φορές για Γύθειο και Καλαμάτα. Μερικά χρόνια αργότερα ιδρύθηκε από τον ποταμίτη στη καταγωγή Διακάκη, η ακτοπλοϊκή Διακάκης και Σια, όπου ναυπηγήθηκε ένα νέο ατμόπλοιο με το όνομα Κλεοπάτρα και το δρομολογήθηκε σε εκείνη τη γραμμή, που κατάληξη πλέον είχε τον ποταμό Κυθήρων, ενώ σε σύντομο χρονικό διάστημα η εταιρεία αγόρασε και άλλο πλοίο, το Μίνα και το δρομολόγησε στην ίδια γραμμή. Η εταιρεία προόδευσε και αγόρασε γρήγορα και άλλα πλοία ενισχύοντας τον στόλο της. Στο ίδιο χρονικό διάστημα στη γραμμή αυτή έστειλε τα πλοία της και η ατμοπλοΐα Γουδή, ενώ το 1911 δρομολογήθηκε στη γραμμή το πλοίο Νικόλαος Κ, του καραβίτη εφοπλιστή Γ. Γιατράκη, ενώ το επόμενο έτος δρομολογήθηκε το Κύθηρα του επίσης καραβίτη Π. Κατράκη. Κατά το χρονικό διάστημα από το 1920 και μέχρι λίγο μετά τον Β' παγκόσμιο πόλεμο εξυπηρετούσε με αξιοθαύμαστη συνέπεια τη γραμμή των Κυθήρων, η νεοσύστατη Λακωνική ατμοπλοΐα του εφοπλιστή και πλοιάρχου Σπύρου Μπιλίνη από το Γύθειο, με τα πλοία Λακωνία,  Ελληνίς και Λέων το οποίο βυθίστηκε από Γερμανική αεροπορική επιδρομή το 1940 ευτυχώς χωρίς θύματα.

Εκείνες τις εποχές, καθώς δεν υπήρχαν οι σωστές λιμενικές υποδομές, τα πλοία αγκυροβολούσαν  έξω από το λιμάνι, η την ακτή και μεταφέρονταν από και προς τη στεριά με βάρκες, πολλές φορές με κακές καιρικές συνθήκες, ενώ τα ζώα τα δέναν γύρω από τη βάρκα και αφήνονταν να κολυμπούν δίπλα στη βάρκα και κατά τη άφιξη τους στο πλοίο  τα σήκωνε ο γερανός του. Κατά τη διάρκεια της κατοχής, μόνο μερικοί γενναίοι Κυθήριος ναυτικοί τόλμησαν τη σύνδεση του νησιού με τη Πελοπόννησο όπως ο Χ. Κριθάρης απο Καραβά, ο Θ. Μεγαλοκονόμος απο Αγία Πελαγία αλλά και άλλοι, έκαναν δρομολόγια με ξύλινα σκάφη που ως μέθοδο πρωόσης είχαν το πανί. Από το 1944 μέχρι το 1947, εξυπηρετούν τη γραμμή Πειραιάς - Κύθηρα (Αγία Πελαγία), ξύλινα καΐκια που μεταφέρουν επιβάτες και εμπορεύματα, όπως το Αθηνά και το Αφροδίτη της Κυθηραικής ακτοπλοΐας, η οποια δρομολογεί αργότερα το σιδερένιο Άγιος Γεώργιος. Το πρώτο γνήσιο επιβατικό πλοίο που δρομολογήθηκε μετά τη κατοχή στη γραμμή Πειραιάς - Κύθηρα - Γύθειο είναι το Ε/Γ Α/Π Μοσχάνθη από το 1947-1949 της ατμοπλοΐας Τόγια. Τα έτη 1948-1949 δρομολογείται το Ε/Γ Α/Π Γλάρος απο την Ατμοπλοία Καρβουνίδου. Τα έτη 1949-1951, η Πειραϊκή Ατμοπλοΐα δρομολογεί 2 πλοία στην εν λόγω γραμμή το Ε/Γ Α/Π Αλεξάνδρα και το Ε/Γ Α/Π Ανατολή, το οποίο έκανε προέκταση του δρομολογίου προς Μονεμβασιά και Νεάπολη. Τα ίδια έτη δρομολογείται απο την Κυριακόπουλος και Σια το Ε/Γ Α/Π Αύρα για το ίδιο δρομολόγιο, το 1951 το πλοίο αυτό αγοράζεται από τη Ατμοπλοΐα Λαγά και μετονομάζεται σε 'Έλενα' εξυπηρετώντας τη γραμμή ως το 1957. Το 1952 οι ΑΦΟΙ Σιγάλα, δρομολογούν το Ε/Γ Α/Π Καδιώ Στη γραμμή Πειραιάς - Κύθηρα(Αγία Πελαγία) - Γύθειο. Από το 1953-1958 οι Αφοί Τυπάλδου δρομολογούν το Ιονίς στη γραμμή των Κυθήρων. Το 1957 μέχρι το 1960 ο Λ.Λαγάς, δρομολογεί το Ε/Λ Α/Π και έπειτα Δ/Π Μαριλένα στη γραμμή αυτή. Το 1958 η Λακωνική Ατμοπλοΐα φέρνει με το πρώτο Μυρτιδιώτισσα, την επανάσταση στη γραμμή των Κυθήρων καθώς εξυπηρετούσε με ταχύτητα και συνέπεια το δρομολόγιο μέχρι το 1972, ενώ το επόμενο έτος δρομολογείται από την Μαλέας Ναυτιλιακή το Κανάρης, το οποίο ήταν το πρώτο εκ κατασκευής επιβατικό πλοίο που δρομολογήθηκε στη γραμμή, ενώ μπορούσε να φορτώσει στο αμπάρι του μέσω του γερανού του 12 οχήματα, ενώ παράλληλα προσέφερε μεγάλες ανέσεις στον επιβάτη.Τη περίοδο 1960-1970 οι λιμενικές εγκαταστάσεις εκσυγχρονίστηκαν στα λιμάνια και αυτό είχε σαν αποτέλεσμα για πρώτη φορά τα πλοία που προσέγγιζαν, να μπορούν να πλαγιοδετούν διευκολύνοντας τη φόρτωση επιβατών και εμπορευμάτων. Η γραμμή Πειραιά - Πελοπόννησο - Κύθηρα - Κρήτη ξεκινά το 1977 με την δρομολόγηση του ΕΓ/ΟΓ Κυκλάδες από την εταιρεία των ΑΦΩΝ Αγαπητού. Το πλοίο αυτό σηματοδοτεί το τέλος της κλασσικής ακτοπλοΐας, καθώς είναι το πρώτο κλειστού τύπου οχηματαγωγό που μπαίνει στη γραμμή. Ενώ το επόμενο έτος δρομολογείται το πλοίο θρύλος της γραμμής το Ε/Γ Ο/Γ Ιόνιον της Λίνδος Ναυτιλιακή, πλοίο που παραμένει στη γραμμή για 14 ολόκληρα χρόνια χωρίς να αλλάξει σε αυτά τα χρόνια καθόλου το πρόγραμμα των δρομολογίων του έχοντας συνέπεια στα δρομολόγια, του και τη ποιο μακροχρόνια παρουσία στη γραμμή. Το ίδιο έτος η Ceres δρομολογεί τα ιπτάμενα δελφίνια της στη γραμμή Πειραιάς - Πελοπόννησος - Κύθηρα, δρομολόγηση που θα κρατήσει μέχρι το 2002. Στην περίοδο 1989-99 δρομολογήθηκαν τα εξής πλοία: 1989-1997 Ε/Γ Ο/Γ Μάρθα, 1992-1993 Μήλος Εξπρές της Λίνδος Ναυτιλιακή (το μεγαλύτερο μέχρι τότε και το πιο γρήγορο ως και σήμερα πλοίο της γραμμής Πειραιά-Κρήτης μέσω Γυθείου και Κυθήρων), 1993-1996 Ε/Γ Ο/Γ Θησέυς της ΑΦΟΙ ΜΟΙΡΑ (στο ίδιο δρομολόγιο με προσθήκη το λιμάνι της Καλαμάτας) , 1997-1999 Ε/Γ-ΟΓ Κάντια της ΑΝΕΚ στη γραμμή Πειραιάς-Κύθηρα (στο νέο λιμάνι στο Διακόφτι - Αντικύθηρα - Κρήτη - Γύθειο - Καλαμάτα), το Ε/Γ Ο/Γ Μαρία Πα. (για το τοπικό Γύθειο - Κύθηρα - Αντικύθηρα - Κρήτη πλοιοκτησίας του Κ.Παναγιωτόπουλου 1997-1998) και το Ε/Γ Ο/Γ Νήσος Κύθηρα 1998-2004 (για το μικρό τοπικό Νεάπολη - Κύθηρα(Αγία Πελαγία) με πλοιοκτήτη τη ΒΟΙΑΙ. ΑΕ).

Το 2000 συμβαίνει μία σημαντική εξέλιξη. Δημιουργείται η πρώτη ναυτιλιακή εταιρεία λαϊκής βάσης, με μετόχους Κυθηραίους  η ΑΝΕΝ ΑΕ και δρομολογείται το πλοίο Μυρτιδιώτισσα στη γραμμή Πειραιά - Γύθειο - Κύθηρα(Διακόφτι) - Αντικύθηρα - Κίσσαμος. Από το 2000 μέχρι το 2008 με μόνους που τόλμησαν να ρίξουν τα σκήπτρα της πρωτοκαθεδρίας του, το Ρομίλντα 2003-2004 της GA FERRIES και το Ε/Γ Ο/Γ Ανδρέας ΙΙ 2005-2007 της ΑΤΛΑΣ ΝΕ, για το τοπικό Νεάπολη - Κύθηρα - Αντικύθηρα - Γύθειο το οποίο εγκατέλειψε τη γραμμή λόγω των έντονων πιέσεων του ανταγωνισμού, καθώς η εταιρεία με τη προσθήκη τοπικού δρομολογίου και τις γραφειοκρατικές πιέσεις δυσκόλεψε την κατάσταση για το Ανδρέας ΙΙ. Το 2008 έπειτα από πρόσκρουση που είχε στα Κύθηρα η ΑΝΕΝ ναυλώνει το Εξπρές Σαντορίνη και στη συνέχεια το Εξπρές Πήγασος από τη Ηellenic Seaways για αντικατάσταση του Μυρτιδιώτισσα, αλλά η πώληση των μετοχών από τη ΑΝΕΚ η κακή οικονομική κατάσταση και τα χρέη όπως επίσης και το ατύχημα στα Κύθηρα οδήγησαν στην πώληση του πλοίου στην ΝΕΛ και τη εγκατάλειψη της γραμμής από τη εταιρεία όπως  και τη ανάληψη της το 2009, από τη θυγατρική της ΑΝΕΚ, LANE, με το πλοίο Βιτσέντζος Κορνάρος ως το καλοκαίρι του 2017, όπου μηχανική βλάβη ακινητοποιεί το πλοίο. Έτσι από το 2018 τη γραμμή αναλαμβάνει το Ε/Γ Ο/Γ Ιονίς της Τriton Ferries ενώ, η ίδια εταιρεία με το ΕΓ/ΟΓ Πορφυρούσα απο το 2008 έχει αναλάβει το τοπικό Νεάπολη - Κύθηρα ενώ μία φορά τη εβδομάδα προσεγγίζει τα Αντικύθηρα.